A Direção da AEISEG é composta por cerca de 61 membros.
A nível organizacional, está estruturada numa lógica funcional, sendo constituída por Presidência, órgão máximo de decisão e departamentos ligados a diversas áreas de intervenção.
A Mesa de Reunião Geral de Alunos é o órgão máximo de decisão por parte dos estudantes. Consiste em reuniões a porta aberta onde todos os alunos são convidados a debater problemas da vida académica e pedagógica da Faculdade e onde são aprovadas decisões que seguem para deliberação superior, por parte da Presidência do ISEG e/ou Ministério da Educação.
O Conselho Fiscal tem um papel fundamental no controlo das contas da Associação dos Estudantes, sendo um importante apoio para a decisão de implementação dos mais diversos projetos levados a cabo pela Direção da Associação de Estudantes.
